Со формирање на Одделението за соработка со невладини организации, Владата на Република Македонија ја  промовираше целта за поблиска институционализирана соработка со граѓанскиот сектор и охрабрување на активното вклучување на граѓанските организации во процесот на креирање политики. Се создаде рамка за развој на современото граѓанско општетство во Македонија и истовремено се стимулира демократизацијата и модернизацијата во сите сегменти на општетството.

Иницијативата за институционализирање на соработката меѓу Владата на Република Македонија  и граѓанскиот сектор, беше усвоена на  дваесет и осмата седница на Владата на Република Македонија, одржана на 01 ноември 2004 година, со заклучок Генералниот секретаријат на Владата, согласно Уредбата за начелата за внатрешна организација на органите на управата, да ги преземе неопходните активности за формирање на Одделение за соработка на Владата со невладиниот сектор во Република Македонија, во рамките на Генералниот секретаријат.

Одделението за соработка со невладините организации, е во состав на Секоторот за анализа на политики и координација во Генералниот секретаријат на Владата на Република Македонија.

Основна цел на Одделението за соработка со невладините организации е воспоставување доверба и развој на институционалната соработка помеѓу Владата и граѓанските организации, како и развој на граѓанскиот сектор.  

Одделението претставува постојано и координативно тело како систем за добра соработка на Владата и граѓанскиот сектор.

Посебно нагласена надлежност на Одделението за соработка со невладини организации е изработката и координацијата во спроведувањето на Стратегијата за соработка на Владата со граѓанскиот сектор со Акцискиот план за спроведување (2007 - 2011).  Стратегијата е документ кој е водечка рамка за политиката на соработка, за реализација на бројни  заеднички проекти, преку постојана комуникација, транспарентност, одговорност и доверба, преку создавање на услови за одржливост на здруженијата на граѓани и фондации, како и нивна взаемна соработка на повеќе нивоа со Владата и органите на државната управа. 

Одделението работи на спроведувањето на своите надлежности врз основа на принципите на заедничка доверба; партнерство; транспарентност; независност и одговорност.